Премьера Скифской сюиты состоялась в Петербурге, на седьмом абонементном концерте А. Зилоти в зале Мариинского театра 16 января 1916 года. Дирижировал автор. Исполнение сюиты вызвало шумный и противоречивый отклик — бурные протесты наряду с одобрительными аплодисментами. «Попытки к обструкции» наблюдались и со стороны оркестрантов во время репетиций (в исполнении участвовали 140 человек). Второе исполнение (Зилоти поставил сюиту на начало нового концертного сезона, в концерт 29 октября 1916 года) прошло гораздо более удачно для автора, хотя и не менее шумно. Сюита встретила поддержку у ряда критиков, в частности у В. Каратыгина и Б. Асафьева.
Скифская сюита — наряду с первыми двумя фортепианными концертами, а также более поздними операми «Игрою» и «Огненный ангел», Второй и Третьей симфониями — одно из самых сложных и эпатирующих крупных сочинений молодого Прокофьева. Оно и по сей день остается в числе «экстремальных» произведений оркестровой классики ХХ века.